潔凈室壓差控制的基本原理是控制送風量、回風量和排風量。當送入潔凈室的風量適當大于回風量和排風量時，室內可以保持一定的正壓值。此時，在室內外靜壓差的作用下，通過松散圍護結構向外泄漏的風量與進出機械的風量之差相等。壓差維持的難點在于機械送風量和出風量的動態變化。對于潔凈空調系統，過濾器積聚的灰塵會增加新風和送風管道的阻力，影響風量，排風設備的開啟和停止也會導致排風量的變化。此外，與走廊、室外相鄰也會因熱壓、風壓的變化而影響房間的壓差。因此，需要經常檢查潔凈室的壓差，并相應調整新、送、回、排風通道的閥門。

維持壓差的控制措施有：(1)回風口控制，即通過改變回風口上的百葉可調格柵或阻尼層的阻力來調節回風量，從而控制室內壓力。這是最簡單的控制方法，特點是結構簡單，經濟。格柵控制調節方便，但格柵不易密封，調節范圍不大，也會影響氣流方向。一般采用初效泡沫塑料或初效無紡布作為阻尼層，通過改變回風口的阻力來調節回風量，從而控制室內外潔凈室的壓差。隨著阻尼層使用壽命的增加，其阻力增大，室內正壓趨于增大，應定期清洗，阻尼層可重復使用。(2)余壓閥控制：手動或自動調節余壓閥上的平衡壓塊，改變壓力閥的閥開度，實現室內壓力控制。余壓閥一般位于潔凈室的背風墻上。采用這種措施時，潔凈室中應有足夠的剩余正壓。如果排氣量發生變化，應重新調整余壓閥。余壓閥安裝簡單，但長期使用后關閉不嚴密。如果余壓閥全關時室內正壓值仍低于要求值，則需要用其他方法控制控制室內部壓差。(3)根據檢測到的室內壓力值調節回風閥或排風閥，調節回風管(或排風管道)上的電動閥，改變回風量(或排風量)，控制潔凈室的壓力值。(4)差壓變送器控制，通過差壓變送器檢測室內壓力，然后調節新風量，開啟(降低)新風(OA)管道上的電動閥(MD)。